À propos du projet

Qui sommes-nous ?

Le projet est le fruit d’une collaboration entre des établissements universitaires et des étudiants. Ce partenariat d’experts en médecine, en biochimie, en informatique et en pédagogie garantit un outil équilibré sur les plans méthodologique et technique.

Le projet est mené conjointement par :
• le Département de didactique de la chimie et de sciences humaines, Université de chimie et de technologie de Prague (UCT Prague)
• la Première faculté de médecine, Université Charles

Pourquoi ce projet ?

Nous sommes convaincus que, pour vraiment comprendre la forme des molécules, les interactions spatiales et les propriétés des molécules bioorganiques, il est essentiel de travailler avec des modèles 3D faciles à appréhender. La visualisation numérique est utile, mais souvent limitée : elle nécessite des logiciels spécialisés et n’est pas idéale pour l’enseignement ni pour la démonstration physique. Construire des modèles moléculaires avec des boîtes de modèles est long et techniquement exigeant, et préparer des modèles imprimables peut s’avérer compliqué. C’est pourquoi notre projet est né : rendre l’impression 3D de molécules plus accessible, plus rapide et plus simple.

Historique et développement

Le premier prototype de l’application a vu le jour en 2023 sous la forme d’un script en ligne de commande pour le logiciel PyMOL, puis, au fil de plusieurs itérations en Python, il a évolué vers le concept d’une application web. Le projet a même été distingué à la Première faculté de médecine de l’Université Charles, où il a reçu un prix lors de la 25e Conférence scientifique étudiante (SVK).

Ce que permet l’application

Notre application vous permet de :

  • importer automatiquement des données moléculaires depuis des services comme PubChem ;
  • importer vos propres fichiers (.sdf) ;
  • générer des modèles 3D selon différentes représentations ;
  • colorer les atomes et choisir la qualité du modèle ;
  • optimiser les modèles pour l’impression et les exporter vers des trancheurs (p. ex. PrusaSlicer) ;
  • imprimer en 3D et en plusieurs couleurs des modèles moléculaires.

Grâce à l’application, le temps nécessaire pour passer des données moléculaires à un modèle imprimable se réduit à quelques minutes — bien plus efficace qu’un traitement manuel.

Bases techniques

  • Langage : TypeScript
  • Interface : SvelteKit, Bootstrap
  • Intégration des données : connexion aux bases de données publiques (PubChem, COD)
  • Représentations : van der Waals (modèle compact, Spheres), Ball-and-Stick (boules et bâtonnets), Stick (bâtonnets)
  • Optimisation : contrôle du niveau de détail, ajout des hydrogènes, finition du modèle, et plus encore…
  • Sorties d’export : formats prêts à imprimer pour les trancheurs

Notre objectif : rendre l’impression 3D moléculaire accessible au plus grand nombre — étudiants, chercheurs et enseignants.